Подробнее

Веб-сайт Digex Co. использует сервисы Google Analytics и Яндекс.Метрика, что позволяет нам выстраивать содержание страниц в соответствии с вашими интересами и запросами, повышая тем самым качество предлагаемого вам контента. Используемые нами файлы cookies позволяют узнавать тех, кто посещает наш сайт повторно. Эти файлы также служат для отслеживания моделей трафика посетителей по сайту, что помогает повышать его удобство.
Подробнее ознакомиться с типами и файлами cookies, которые мы используем можно в нашей политике cookies.

Digex Genome Browser

Бесплатный геномный веб-браузер для биоинформатиков, которые хотят работать с собственными наборами данных.

Инструмент анализа форматов геномных данных.
Продукт с открытым исходным кодом.

DGB предназначен для исследователей, которые хотят работать с собственными наборами данных и интегрируя их с популярными общедоступными ресурсами (NCBI, Ensembl, UniProt и т. д.). Встроенный геномный браузер DGB может работать с множеством типов данных в разных общепринятых форматах геномных данных, включая BAM/CRAM, GFF/GTF, VCF (включая структурные), а также файлы bigwig и bed/seg files.

DGB поддерживает взаимодействие с разрешением генома любых масштабов в реальном времени и одновременное отображение данных из нескольких геномных регионов. Также DGB имеет встроенный плагин для просмотра трехмерных структур белков. Браузер с собственным API можно интегрировать в конвейеры обработки данных. DGB поддерживает Chrome, Safari, Firefox и другие веб-браузеры во всех ведущих операционных системах (Windows, Mac, Linux), а обработка данных осуществляется в серверной части.

Digex Genome Browser (DGB, новый геномный браузер)

Интеграция DGB

Возможности

Визуализация выравниваний

Поддержка формата BAM/CRAM
Интерактивная визуализация до 150 КБ
Сортировка, цветовыделение и группировка прочтений
Прочтения с нестрогим ограничением
Визуализация охвата

Визуализация изменчивостей

Быстрая фильтрация/поиск, просмотр сгруппированных изменчивостей и изменчивостей в стеке
Доступ к подробной информации об изменчивости по запросу
Ссылки на внешние базы данных (dbSNP и т.д.)
Просмотр воздействия изменчивости на белковые домены

Визуализация структурных изменчивостей (длинные вставки и делеции, инверсии, точки разрыва)

Подробные сведения об изменчивости
Отображение рекомбинантных белков со структурой доменов/экзонов
Визуализация перестройки ДНК и получающихся в результате гибридных белков/доменов/экзонов
Интеграция с базой данных UniProt и отображение структуры белкового домена на схеме перестройки
Разделенное представление для одновременного просмотра нескольких геномных регионов

Визуализация РНК-секвенирования

Режим разделенных прочтений и границ сплайсинга
Режим отображения только экзонов (чтобы скрыть интроны)
Интеграция с ENSEMBL, UniPROT и т. д.
Интеграция с API REST (например, в конвейерах)

Визуализация выравниваний

Поддержка формата BAM/CRAM
Интерактивная визуализация до 150 КБ
Сортировка, цветовыделение и группировка прочтений
Прочтения с нестрогим ограничением
Визуализация охвата

Визуализация изменчивостей

Быстрая фильтрация/поиск, просмотр сгруппированных изменчивостей и изменчивостей в стеке
Доступ к подробной информации об изменчивости по запросу
Ссылки на внешние базы данных (dbSNP и т. д.)
Просмотр воздействия изменчивости на белковые домены

Визуализация структурных изменчивостей (длинные вставки и делеции, инверсии, точки разрыва)

Подробные сведения об изменчивости
Отображение рекомбинантных белков со структурой доменов/экзонов
Визуализация перестройки ДНК и получающихся в результате гибридных белков/доменов/экзонов
Интеграция с базой данных UniProt и отображение структуры белкового домена на схеме перестройки
Разделенное представление для одновременного просмотра нескольких геномных регионов

Визуализация РНК-секвенирования

Режим разделенных прочтений и границ сплайсинга
Режим отображения только экзонов (чтобы скрыть интроны)
Интеграция с ENSEMBL, UniPROT и т. д.
Интеграция с API REST (например, в конвейерах)

Преимущества DGB

Более эффективный анализ

Вы по достоинству оцените богатый интуитивный интерфейс и возможность быстрой визуализации данных

Возможность приступить к работе быстро и бесплатно

По лицензии MIT вам доступен быстро интегрируемый инструмент для быстрого получения результатов

Полная поддержка облачного и веб-интерфейса

Возможность использования в качестве облачного решения без установки на устройство

Оптимизация совместной работы

Синергический эффект совместной работы и обмена результатами исследований

Дополнение анализа внешними данными

Удобный доступ к общедоступным научным данным для анализа